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US 1426 GeT-PlaGe | Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique

Responsable de la structure

NºRNSR

201722711S

Contact

Adresse

INRAE Auzeville
CHEMIN DE BORDE ROUGE
31326 CASTANET TOLOSAN CEDEX

Centre

Nom du centre
Centre de recherche Occitanie-Toulouse

Département ou direction pilote

Présentation détaillée

Missions :
L’unité de service GeT-PlaGe d'INRAE est une une plateforme de génomique et de transcriptonique. Elle est rattachée à Génotoul et collabore de manière privilégiée avec des équipes de recherche en sciences animales, végétales, de l’environnement et de l’écologie. Les missions les suivantes : 
  • Acquérir et maintenir l’expertise en génomique, implémenter les développements pertinents notamment dans le domaine du séquençage nouvelle génération
  • Conseiller les équipes sur les meilleures approches en génomique pour répondre à leurs questions de recherche et les accompagner tout au long de leur projet
  • Produire des données de qualité
  • Partager son savoir-faire

L’unité GeT-PlaGe a développé des activités spécifiques répondant aux attentes des scientifiques dans : le séquençage « long reads » pour l’assemblage de génomes de novo et l’analyse de variations structurales, le séquençage « whole genome bisulfite » pour les analyses épigénétiques, le reséquençage « whole genome » pour l’étude du polymorphisme.

Les enjeux :
  • Apporter la technologie pertinente pour permettre aux équipes de publier au plus haut niveau, 
  • Mettre à disposition une expertise pour susciter de nouvelles idées, 
  • Donner un avantage concurrentiel aux équipes de recherche accompagnées.

Moyens :
La plateforme est depuis 2010 membre fondateur de l’infrastructure distribuée France Génomique financée dans le cadre du projet infrastructures du PIA. Elle est labellisée IBiSA (Infrastructures en Biologie Sante et Agronomie) depuis 2008 et est certifiée ISO9001-2015 et NFX50-900. Elle fait partie des plateformes stratégiques d'NRAE. GeT-PlaGe a établi un partenariat historique avec la plateforme bioinformatique pour les aspects stockage et traitement des données.