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UMR 1128 DynAMic | Dynamique des génomes et adaptation microbienne

Responsable de la structure

Secrétariat

NºRNSR

200117305K

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  • Site web

Adresse

Université de Lorraine - Faculté des Sciences
BOULEVARD DES AIGUILLETTES
54506 VANDOEUVRE LES NANCY CEDEX

Centre

Nom du centre
Centre de recherche Grand Est-Nancy

Département ou direction pilote

Présentation détaillée

Complément d'adresse :
Université Henri Poincaré Nancy I - Faculté des Sciences Boulevard des Aiguillettes BP 239 54506 VANDOEUVRE-LÈS-NANCY CEDEX
Missions :
L'UMR1128 Génétique & Microbiologie est une Unité Mixte de Recherche entre INRAE et l'Université Henri Poincaré (Nancy Université). La thématique centrale de l'unité concerne les mécanismes d'évolution rapide chez les bactéries. Le transfert horizontal, c'est-à-dire les échanges d'information génétique qui s'opèrent entre bactéries apparentées ou non d'un même écosystème, constitue le mécanisme prépondérant de l'évolution bactérienne. L'étude de ces phénomènes se décline en la recherche des mécanismes moléculaires du transfert de l'information et de son intégration dans le génome hôte, ainsi que de l'impact des séquences transférées chez l'hôte. Nos recherches portent sur deux flores distinctes.  
  • La flore lactique avec Streptococcus thermophilus et Streptococcus agalactiae. S. thermophilus est directement impliquée dans la chaîne alimentaire humaine comme ferment dans la production de nombreux produits lactiques (yaourt et fromages). Elle est l'unique représentant non pathogène du groupe des streptocoques, commensaux et pathogènes opportunistes. Streptococcus agalactiae est pathogène pour l'homme et l'animal. Elle est présente dans le tractus digestif et peut contaminer le lait cru. Ces bactéries peuvent être sources d'échanges avec d'autres espèces pathogènes présentes ou non dans les produits laitiers ou dans le tractus digestif humain.  
  • La flore de la rhizosphère en focalisant sur les bactéries du genre Streptomyces. Ces bactéries interagissent avec de nombreuses bactéries de genres différents ainsi qu'avec des champignons symbiotiques, pathogènes ou saprophytes au sein de leur niche écologique. Les Streptomyces constituent le réservoir majeur de gènes de biosynthèse mais aussi de résistance aux antibiotiques ce qui soulève la question des échanges de gènes entre bactéries de la rhizosphère et du sol. Au niveau biotechnologique, les bactéries du genre Streptomyces sont utilisées pour la fabrication de métabolites impliqués dans la santé humaine ou animale (antibiotiques et anticancéreux) ou le traitement de productions agricoles (fongicides, herbicides et insecticides). 
Nos recherches actuelles s'orientent vers l'étude des mécanismes de transfert et d'intégration du matériel génétique, et de leurs conséquences (fixation à long terme) sur l'adaptation des organismes à leur environnement biotique et abiotique. Les vecteurs du transfert (éléments génétiques mobiles) mais aussi des facteurs d'hôte (recombinaison chromosomique, compétence naturelle) sont ciblés. L'impact des transferts sera évalué par l'étude de fonctions de contingence (facteurs de virulence, gènes de réponse aux stress, synthèse de métabolites secondaires). Plus précisément, nos projets concernent : 
  • le transfert horizontal chez les streptocoques,  
  • la réponse au stress et l'adaptation,
  • la génomique des Streptomyces
Moyens :
Le laboratoire compte 8 enseignants-chercheurs (dont 2 Pr et 3 HDR), 1 CR INRAE (HDR), 5 personnels IATOS (UHP), 1 post-doctorant et 5 doctorants (dont une co-tutelle).
L'unité dispose d'équipements de microbiologie et génétique moléculaire, d'un laboratoire L2, d'une plate-forme technique de génomique (PCR quantitative, séquençage d'ADN haut-débit, analyse du transcriptome), cette dernière constituée entre les UMR INRAE-UHP 1128 et 1136 (IaM, Interactions arbre-Microorganismes) au sein de l'IFR110. 
Collaborations :
L'unité a tissé des partenariats au sein de réseaux nationaux et internationaux.
  • Programme ActinoGen "Integrating genomics-based applications to exploit Actinomycetes as a resource for new antibiotics" regroupant 17 laboratoires européens dans le cadre du Vième PCRD (Coordinateur Paul Dyson, Université de Warwick) - 2005-09
  • CMCU 2006-2009 Collaboration bilatérale franco-tunisienne (10 laboratoires, 5 français & 5 tunisiens)
  • ANR 07 : collaboration avec JL Pernodet (IGM Orsay )et P. Frey-Klett (UMR INRA IaM, Nancy).
  • Collaboration scientifique avec Chr. Hansen S/A