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Un laboratoire
   
   
 
 
UMR0931 AMAP BotAnique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations
- Complément d'adresse :
CIRAD Boulevard de la Lironde TA Afficher la suite
CIRAD Boulevard de la Lironde TA A-51/PS2 34398 MONTPELLIER CEDEX 5 Réduire

- Missions :
L'enjeu principal de l'UMR AMAP est de contribuer à l'émergence d'une bioinformatique et d'une Afficher la suite
L'enjeu principal de l'UMR AMAP est de contribuer à l'émergence d'une bioinformatique et d'une biomathématique des plantes et des peuplements végétaux qui soient complémentaires des recherches menées par d'autres unités dans les domaines de l'écologie fonctionnelle et évolutive, de l'écologie des communautés, de la biologie du développement, de l'écophysiologie et de la bioinformatique du génome. En privilégiant la description et l'identification de la biodiversité végétale, l'organisation des couverts végétaux, l'architecture des plantes et la morphologie de leurs organes, il s'agit donc de se doter de formalismes mathématiques et informatiques capables : (i) de décrire, analyser et représenter la topologie et la géométrie des objets biologiques étudiés ; (ii) d'assembler dans des modèles génériques les connaissances de plus en plus nombreuses sur le développement et la diversité des plantes et ses régulations par l'environnement. L'ambition collective de l'UMR est d'acquérir des connaissances permettant de développer des méthodes génériques d'analyse, de modélisation et de simulation de la structure et du développement des plantes, destinées à l'écologie, l'agronomie et la foresterie, situées à l'interface entre biologie, mathématiques et informatique, supports de formation, d'enseignement et d'expertise, et/ou diffusées sous forme de plates-formes logicielles. L'activité de l'unité se situe à l'interface de disciplines biologiques variées (botanique structurale, écologie, taxonomie, phylogénie, paléobotanique, agronomie, agrophysiologie) et des sciences exactes (mathématiques et informatique appliquées). Elle se concentre sur les thèmes dans lesquels les équipes ont des compétences scientifiques et techniques originales et reconnues : - elle est centrée sur la caractérisation et l'analyse de la diversité, de la forme, de l'organisation et de la structure des plantes et des peuplements végétaux ; - elle aborde des problématiques méditerranéennes, tempérées et tropicales, et prend en compte la dimension phylogénétique avec l'analyse des plantes vasculaires ou non vasculaires, actuelles ou fossiles ; - elle s'appuie sur des méthodes originales telles que l'identification assistée par ordinateur, l'analyse de l'architecture et du développement des plantes, l'analyse biomécanique des arbres, la représentation mathématique et informatique des organes, des plantes, des peuplements et des paysages et la modélisation de leur croissance et de leur production. Le programme de recherche de l'UMR a pour but de fédérer : - des recherches cognitives centrées sur la description et la compréhension de la diversité, de l'organisation, des relations phylogénétiques, de la croissance et du fonctionnement des végétaux ; - des recherches méthodologiques visant à proposer des modèles, mathématiques et informatiques, génériques destinés à analyser et simuler la diversité, la morphologie, l'architecture et le développement des plantes ; - et des recherches finalisées orientées vers la maîtrise de la dynamique et de la production, en quantité et en qualité, des écosystèmes végétaux cultivés ou naturels, tempérés ou tropicaux. Il s'agit notamment de définir un champ d'innovation en biodiversité végétale autour du pôle « génétique-architecture-fonctionnement », en abordant les systèmes biologiques à différents niveaux (de l'organe au peuplement en articulation autour de l'organisme, en considérant la structure, la dynamique et la diversité) et par des méthodes innovantes résultant d'une forte interaction entre les deux grands champs disciplinaires en présence. Compte tenu de l'ambition collective de ce projet, il vise plusieurs défis scientifiques, parmi lesquels on peut citer : - l'intégration des données et concepts de la génétique, de l'architecture et de la physiologie du développement : (i) analyse des formes et des fonctions végétales dans leur dimension taxonomique, phylogénique, phytogéographiques et écologiques, (ii) analyse des relations entre marqueurs morphologiques et moléculaires, (iii) conception, calibration, évaluation et validation de modèles « structure-fonction », (iv), intégration des connaissances et modèles du niveau idividuel à ceux du peuplement et du paysage ; - la définition de méthodes et de concepts génériques (i) d'analyse, de compréhension et de description de la diversité végétale ; (ii) d'analyse, de modélisation et de simulation de la structure et du développement des organes, des plantes, des peuplements et des paysages (iii) de description et d'analyse multi-échelles de systèmes biologiques complexes, (iv) de comparaisons architecturales et fonctionnelles de plantes réelles et/ou simulées. Réduire

- Moyens :
L'UMR AMAP comprend 50 personnels permanents, dont 26 chercheurs ou enseignants-chercheurs, 14 Afficher la suite
L'UMR AMAP comprend 50 personnels permanents, dont 26 chercheurs ou enseignants-chercheurs, 14 ingénieurs et 10 techniciens et administratifs. 8 sont des personnels INRA.

Compte tenu de l'importance des mathématiques et de l'informatique, les équipements principaux de l'UMR sont des postes de travail informatique. L'unité possède également un laboratoire de paléobotanique et un laboratoire de biomécanique. Réduire

- Collaborations :
AMAP est une Unité Mixte de Recherche associant des personnels de l'INRA avec :
le CIRAD : 22 Afficher la suite
AMAP est une Unité Mixte de Recherche associant des personnels de l'INRA avec :
le CIRAD : 22 personnes basées à Montpellier, en Guyane française, au Laos, et en région parisienne (Inria Futurs);
le CNRS : 8 personnes ;
l'IRD : 10 personnes basées à Montpellier, en Guyane française, et en Inde ;
l'université de Montpellier 2 : 2 enseignants-chercheurs. Réduire

- Mot(s) clé(s) :
Objet d'étude : image
Question sociétale et finalité, contexte : développement durable
Démarche, discipline : Biologie du développement, Botanique, Génie logiciel
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Objet d'étude : image
Question sociétale et finalité, contexte : développement durable
Démarche, discipline : Biologie du développement, Botanique, Génie logiciel
Dispositif technique et méthode d'étude : analyse statistique, bioinformatique, modélisation des systèmes complexes, realite virtuelle, statistique, systématique
Phénomène, processus et fonction : dynamique des populations
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