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Bases mécanistiques de la biodiversité bactérienne et de l'expression phénotypique in situ
(ACR)
- Mot(s) clé(s) :
Objet d'étude : aliment fermenté
Question sociétale et finalité, contexte : biodiversité microbienne
Démarche, discipline : Génomique Transcriptomique et Protéomique, Microbiology and Parasitology
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Objet d'étude : aliment fermenté
Question sociétale et finalité, contexte : biodiversité microbienne
Démarche, discipline : Génomique Transcriptomique et Protéomique, Microbiology and Parasitology
Dispositif technique et méthode d'étude : microbiologie alimentaire
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- Description détaillée :
Le cadre global de nos travaux vise à étudier la variabilité et l’expression de potentiels Afficher la suite
Le cadre global de nos travaux vise à étudier la variabilité et l’expression de potentiels bactériens (technologique, probiotique ou pathogène) in situ. Nous avons en effet démontré que la biodiversité au sein des deux espèces modèles Propionibacterium freudenreichii (Pf) et Staphylococcus aureus (Sa), bactéries à Gram positif, s’exprimait à travers une variabilité de phénotypes et donc de potentiels. L’étude des liens entre biodiversité (génomique, notamment) et expression des potentiels constitue le cœur de nos recherches. Même si les études mécanistiques nous amènent à tester certaines hypothèses sur modèles in vitro, la notion d’in situ nous tient à cœur pour son originalité. Passés les verrous méthodologiques inhérents à nos approches, nos travaux nous permettent de mieux comprendre et contrôler les interactions entre ces deux espèces bactériennes et leur environnement (incluant matrice fromagère, hôte et microbiotes associés). Ils s’articulent selon deux axes :

1. Interactions entre Pf ou Sa et l’environnement laitier (microbiote et matrice). Cet axe se décline en deux parties : i) activité de Pf pendant l'affinage, par des approches biochimiques et transcriptomique globale; ii) étude des interactions entre Sa et le microbiote positif par une approche transcriptomique et par visualisation pour appréhender l'hétérogénéité des systèmes étudiés : biofilm, gel ou matrice.

2. Interactions bactéries-hôte. Cet axe se décline en deux parties : i) Sa en contexte mammite : points-clés de sa pathogénie pour envisager des stratégies de lutte novatrices basées sur la capacité des bactéries lactiques à moduler l'adhésion de Sa aux cellules épithéliales mammaires. L'objectif à long terme est de proposer une alternative à la vaccination et à l'antibiothérapie, qui demeurent modérément efficaces. ii) Propriétés probiotiques de Pf : expliquer la biodiversité des potentialités probiotiques en particulier dans l'induction de l'apoptose de cellules colorectales cancéreuses par la production d'acides gras à chaîne courte.

Ces objectifs scientifiques s’appuient sur une expertise technique solide et reconnue en protéomique, transcriptomique et génomique. Des approches moléculaires (mutagenèse, expression-sécrétion hétérologues) sont développées en adaptant les outils existants (notamment pour Sa) ou en les développant nous-mêmes lorsqu’ils ne sont pas disponibles (cas de Pf).

A terme, ce projet vise à générer des connaissances fondamentales sur la biodiversité au sein de ces deux espèces modèles, sur leurs interactions avec l’environnement (notamment avec l’écosystème microbien) et sur la variabilité d’expression de leurs potentiels (technologique, probiotique ou pathogène) in situ. Les retombées attendues sont une meilleure maîtrise de l’affinage, la démonstration et la compréhension des capacités probiotiques chez Pf et de nouveaux moyens de lutte (non-antibiotique) contre les contaminations voire les infections à Sa.
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- Champs de rattachement :
 

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