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Plateforme de Phenotypage
(ACE)
- Mot(s) clé(s) :
Objet d'étude : comparaison de génotypes
Question sociétale et finalité, contexte : agricultural change, biologie prédictive, changement climatique, variabilité génétique
Démarche, discipline : Bioclimatologie, Génétique des plantes, Physiologie
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Objet d'étude : comparaison de génotypes
Question sociétale et finalité, contexte : agricultural change, biologie prédictive, changement climatique, variabilité génétique
Démarche, discipline : Bioclimatologie, Génétique des plantes, Physiologie
Echelle d'étude : plante entière
Localisation géographique : herault
Dispositif technique et méthode d'étude : analyse phénotypique, modelling
Composé chimique, Facteur du milieu : stress à la sécheresse, température
Phénomène, processus et fonction : besoin en eau, croissance aérienne, division cellulaire, photosynthèse, transport, turgescence cellulaire
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- Description détaillée :
Dans le contexte des changements climatiques, il est urgent de développer des génotypes qui Afficher la suite
Dans le contexte des changements climatiques, il est urgent de développer des génotypes qui tolèrent des contraintes environnementales comme le déficit hydrique, les températures élevées ou de fortes demandes évaporatives. La méthode maintenant mise en avant est la sélection génomique, une méthode qui sélectionne in silico les allèles favorables avec un recours plus limité à la sélection au champ. Ceci demande que des liens robustes soient établis entre des allèles de gènes et des caractéristiques de tolérance, fondés sur l'analyse de grandes collections de génotypes.
Alors que l'analyse génotypique de ces collections a rapidement progressé, l'analyse phénotypique reste nettement en retard. Un enjeu essentiel est donc de développer des techniques et des méthodes permettant une analyse phénotypique pertinente sur de grandes collections de plantes. Des développements rapides ont lieu à la fois dans des compagnies privées majeures (Monsanto, Pioneer) et dans la recherche publique (Australie, Allemagne, France en particulier).
Le défi est ici technologique, gérer et mesurer des milliers de plantes d'intérêt agronomique, mais aussi scientifique en s'appuyant sur des plantes modèles. Il s'agit en particulier de gérer et d'organiser de grandes quantités d'information, de calculer des variables ayant un sens biologique à partir de variables phénotypiques "brutes", et de mettre ces variables en relation avec les conditions environnementales et les caractéristiques des génomes. La modélisation est un outil essentiel pour cela, en particulier pour le calcul de variables cachées et pour identifier des caractères de sensibilité qui puissent être ensuite analysés génétiquement.

La plate-forme de phénotypage du LEPSE comprend 3 plateaux, Phenopsis, PhenoDyn et PhenoArch. Phenopsis est dédié à des plantes de petite taille comme la plante modèle arabidopsis ou du colza. Il permet de gérer 3 x 500 plantes simultanément. Phenodyn est dédié à l'analyse de l'élongation foliaire des graminées. Il permet de gérer 150 pots et 450 plantes individuelles tout en suivant croissance et transpiration. PhenoArch gère et assure l’analyse phénotypique de 1650 plantes conjointement un suivi par imageries visible et proche infra rouge des architectures foliaire et racinaire ainsi que de la biomasse accumulée et la transpiration permettant des calculs de l’efficience d’utilisation de la lumière ou l’efficience de l’eau. Tous les p lateaux sont équipés de capteurs environnementaux spatialiés.
La plate-forme est couplée avec des modèles permettant la simulation du comportement des génotypes en condition naturelles dans un grand nombre de scénarios climatiques présents ou futurs.

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- Champs de rattachement :
 

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