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Génomique fonctionnelle chez Photorhabdus et Xenorhabdus
(ACR)
- Mot(s) clé(s) :
Objet d'étude : photorhabdus, protéome, séquençage, transcriptome
Question sociétale et finalité, contexte : santé des plantes
Démarche, discipline : génomique
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Objet d'étude : photorhabdus, protéome, séquençage, transcriptome
Question sociétale et finalité, contexte : santé des plantes
Démarche, discipline : génomique
Dispositif technique et méthode d'étude : séquence nucleique
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- Description détaillée :
- Annotation du génome de Photorhabdus.
- Génomique comparative in silico.
- Outils d'analyse Afficher la suite
- Annotation du génome de Photorhabdus.
- Génomique comparative in silico.
- Outils d'analyse du transcriptome et du génome : puces à ADN, PCR quantitative. En particulier, une puce à ADN avec le génome total de Photorhabdus luminescens a été construite dans le cadre du contrat INRA-Institut Pasteur-BayerCropSciences.
- Description de variabilité génomiques intraspécifiques et interspécifiques ; caractérisation d'ilôts génomiques.
- Suivi du transcriptome in vitro et in vivo sur des tissus ou organes d'insectes constituants des niches de développement bactérien au cours du processus infectieux :hémolymphe, organe hématopoïétique, matrice extracellulaire,...
Cette activité de recherche naissante s'implante dans le contexte scientifique du laboratoire EMIP qui développait depuis longtemps les activités de recherche " Facteurs de virulence " et " Ressources génétiques ".
Le développement des techniques post-génomiques se fera dans le cadre des plate-formes techniques qui existent sur Montpellier dans :
(i)l'IFR 122 (Université Montpellier II) auquel appartient notre laboratoire (RT-PCRq, électrophorèse-2D),
(ii)la Génopole montpelliéraine (plate-forme transcriptomique pour puces à ADN sur lame de verre à l'IGH, sur membrane au CIRAD et à l'IGMM, plate-forme protéomique à l'IGH et l'UMR 386).
L'accès au génome de la souche se fait grâce à une étroite collaboration avec l'Institut Pasteur qui a effectué le travail de séquençage. Certains outils seront également élaborés dans le cadre du contrat INRA-Institut Pasteur-Aventis Crops Sciences (puce à ADN recouvrant le génome total de la bactérie).
La première étape de validation des outils d'analyse globale (puce à ADN, RT-PCR quantitave) étant achevée, cette activité de recherché entre désormais dans une phase de transfert de ces outils sur les situations in vivo. La construction d'outils d'analyse post-génomique comme les puces à ADN permet d'envisager la mise en évidence de nouveaux produits phytosanitaires (fongicides, insecticides, etc.) mais également de nouveaux produits qui intéressent le domaine de la santé (antibiotiques). - Frank Kunst, Institut Pasteur, Laboratoire de génomique, 25, rue du Dr Roux, 75724 Paris cedex 15.
J. Charles, Institut Pasteur, Laboratoire de Génétique des génomes bactériens, 25, rue du Dr Roux, 75724 Paris cedex 15.
- Eduardo Rochat, Atelier de Bioinformatique, Université Pierre et Marie Curie, 12 rue Cuvier, 78005 Paris.
- Claudine Médigue, Atelier de Génomique comparative, UMRCNRS8030, Génoscope, 2 rue Gaston Mérieux, 91006 Evry.
- Ivan Moszer Institut Pasteur, Plateau technique Annotation , Génopole, , 25, rue du Dr Roux, 75724 Paris cedex 15.
- Laurent Bréhelin, UMR386-LIRMM, 161 rue Ada, 34392, Montpellier cedex 5.
- David Clarke, Molecular Microbiology Laboratory, Department of Biology and Biochemistry, University of Bath, Bath BA2 7AY.
Mise au point d'outils d'analyse post-génomique afin :
- d'identifier des facteurs de colonisation de l'hôte (insecte) par des stratégies de génomique fonctionnelle permettant le suivi de l'expression génique bactérienne en condition d'infection et d'identifier des facteurs de virulence (cf: activité de recherche " Facteurs de virulence " n°1079) ;
- d'établir une phylogénie de ces facteurs chez le genre Photorhabdus et, plus généralement, chez les bactéries pathogènes par des stratégies de génomique comparative au sein des populations de Photorhabdus (puces à ADN) et parmi les bactéries pathogènes (comparaison in silico des génomes) afin d'établir une phylogénie des facteurs de virulence (cf: activité de recherche " Ressources génétiques " n° 1077).
- Construction d'une puce à ADN et validation de son utilisation pour la comparaison génomique ainsi que pour l'analyse transcriptomique de bactéries cultivées in vitro.
- Description d'une variabilité génomique dans le genre Photorhabdus à l'échelle des clones (inversion génomique dans un vestige de phage codant une particule queue de phage), des souches (délétion et amplification de gènes chez des variants phénotypiques), des espèces (distribution d'ilôts génomiques ne suivant pas strictement la phylogénie bactérienne). Cette description devrait permettre d'avancer dans la compréhension de la plasticité du génome de Photorhabdus. Cette plasticité nous intéressent car elle peut participer à l'adaptation des bactéries à leur environnement, c'est à dire l'insecte.
Le séquençage du génome total de Photorhabdus luminescens, bactérie entomopathogène, ouvre la voie vers une analyse globale du génome bactérien et de son expression génique (transcriptome et protéome). En vue d'identifier des facteurs bactériens permettant la colonisation de l'hôte (facteurs de virulence au sens large) et de les comparer avec ceux d'autres bactéries pathogènes, les informations issues du séquençage du génome de Photorhabdus sont analysées grâce à des stratégies de génomique fonctionnelle et de génomique comparative. Réduire

- Champs de rattachement :
 

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