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Gestion (in situ et cryoconservation) et caractérisation des ressources génétiques fruitières et ornementales
(ACR)
- Mot(s) clé(s) :
Objet d'étude : arbre fruitier, daucus, genisteae, malus, plante ornementale, pyrus, rosa
Question sociétale et finalité, contexte : variabilité génétique
Démarche, discipline : Génétique des plantes
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Objet d'étude : arbre fruitier, daucus, genisteae, malus, plante ornementale, pyrus, rosa
Question sociétale et finalité, contexte : variabilité génétique
Démarche, discipline : Génétique des plantes
Dispositif technique et méthode d'étude : caractérisation, conservation, evaluation
Phénomène, processus et fonction : évaluation, ressource génétique
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- Description détaillée :
Les principales approches employées dans l'UMR pour la caractérisation de la diversité génétique Afficher la suite
Les principales approches employées dans l'UMR pour la caractérisation de la diversité génétique des collections sont :
- isozymes,
- marqueurs moléculaires dominants : RAPD, AFLP, ISSR,
- marqueurs moléculaires codominants : microsatellites,
- séquences ribosomiques,
- marqueurs cytogénétiques (cytométrie de flux, hybridation in situ),
- analyses biochimiques,
- marqueurs fonctionnels (en réflexion),
La cryoconservation est employée aujourd'hui pour les ressources génétiques de Pélargonium.
Les modèles végétaux travaillés sont :
- pommier, poirier (et les espèces sauvages apparentées dans les genres Malus et Pyrus),
- carotte (et autres Daucus),
- Hydrangea,
- rosier (en particulier le groupe des roses galliques,
- Génistées (nouveau projet en relation avec l'activité « Méthodologie de la sélection et innovation variétale en horticulture »). Dans les mêmes conditions environnementales, l'origine de la variation entre génotypes peut se situer au niveau de l'ADN par modifications des séquences de quelques nucléotides ou au niveau des chromosomes avec des changements structurels ou numériques (inversions, délétions, duplications, translocations, changements de niveaux de ploïdie,...). Ces variations se traduisent ou non au niveau phénotypique. Caractériser les espèces et variétés (populations ou clones) au travers de l'expression des caractères phénotypiques (morphologiques et biochimiques), de l'organisation des génomes (cytogénétique et biologie moléculaire) et de la connaissance des barrières entre espèces sont donc autant d'approches complémentaires pour savoir comment est organisée la diversité génétique d'un genre.
La gestion des ressources génétiques répond à deux préoccupations essentielles : la conservation de la diversité et une meilleure utilisation des ressources génétiques en amélioration. En effet, afin de préserver les possibilités de progrès génétique, il est nécessaire de conserver des ressources génétiques directement accessibles et valorisables rapidement. Pour cela, une réflexion est en cours pour assurer une conservation à long terme des collections de l'UMR. L'état sanitaire du matériel et sa conformité doivent être satisfaisants pour répondre aux demandes de diffusion et aux directives qui seront établies par la mise en place des CRB. Enfin, la gamme actuelle des géniteurs des programmes de création variétale est, dans la plupart des cas, relativement restreinte. Dans le cadre de la recherche de nouveaux caractères agronomiques, comme c'est le cas chez la carotte et le pommier, l'utilisation de ressources génétiques bien caractérisées peut être du plus grand intérêt. La constitution de populations sources permettant le cumul de gènes favorables par le biais des recombinaisons entre matériels d'origines diverses, est une des voies qui semblent porteuses d'avenir pour garantir à long terme le développement de variétés présentant des caractères durables.

Tous les projets contribuant à cette activité sont définis pour une période au moins égale à celle du projet d'UMR actuel (2007-2010). Un bilan de l'état d'avancement sera fait lors de la prochaine évaluation en 2010. Présentes dans les jardins depuis plusieurs siècles, les espèces horticoles sont souvent le fruit de très longues traditions culturales. A la faveur des échanges maritimes ou des nombreuses guerres et conquêtes, elles ont pour la plupart fait l'objet de grandes migrations puis d'adaptations locales. Ceci s'est le plus souvent traduit par une vaste répartition géographique et une grande diversité intraspécifique. Généralement, une segmentation de cette diversité s'est également opérée en fonction des traditions alimentaires et culturelles propres à chaque contrée et des pressions de sélection naturelle ou humaine. Depuis quelques décennies, un mouvement contraire, lié à une certaine standardisation et homogénéisation du matériel cultivé moderne et à une intensification des systèmes de culture, s'est amorcé. C'est pour faire face à l'érosion génétique qui peut en résulter qu'un certain nombre d'actions de conservation de ressources génétiques ont été engagées. Elles concernent notamment la constitution de collections ex situ. Le site angevin abrite plusieurs de ces collections. Elles regroupent à la fois des variétés cultivées et leurs espèces sauvages apparentées. Nous sommes donc porteurs d'une mission nationale et internationale vis-à-vis de ces espèces. Le double objectif de notre mission est de rationaliser les collections et d'assurer une gestion permettant leur valorisation. Les principales collaborations sont établies au travers des réseaux nationaux de conservations des espèces Malus-Pyrus, Daucus et Hydrangea, dont l'UMR assure la coordination. 1) Connaître la variabilité existant dans les collections de l'UMR. Pour cela, on cherchera à :
- vérifier l'authenticité des accessions,
- évaluer la représentativité des collections,
- décrire la structuration de la variabilité présente.

2) Connaître l'impact de la domestication et de la sélection sur la variabilité et sa structuration. Pour cela on comparera :
- plusieurs compartiments : sauvage, cultivé ancien, cultivé moderne,
- deux niveaux de variabilité : neutre ou soumise à sélection.

3) Définir des stratégies de gestion permettant la valorisation des accessions. Il pourra s'agir :
- de conservation statique : stratégies d'échantillonnage, assainissement, cryoconservation,
- de conservation dynamique : stratégie de prébreeding à étudier.
Le projet a pour objectif de contribuer à la conservation et à la gestion des ressources génétiques d'espèces horticoles et évaluer ces ressources pour des caractères d'importance agronomique. L'UMR est un acteur majeur de la conservation des ressources génétiques des genres Malus-Pyrus, Hydrangea, Daucus, et Rosa, au plan national et international. La première étape du travail est la connaissance des collections : vérification de l'authenticité des accessions, évaluation de la représentativité des collections (compartiment sauvage et cultivé), définition des relations entre espèces, rationalisation de la gestion des collections et constitution de bases de données. La deuxième étape est l'étude de l'impact de la domestication sur l'étendue et la structuration de la variabilité. Cela se fera par la comparaison des compartiments sauvage, cultivé ancien et cultivé récent, en analysant à la fois la variabilité neutre (marqueurs moléculaires et morphologiques neutres) et celle ayant fait l'objet de sélection (caractères agromorphologiques, marqueurs biochimiques et moléculaires liés à une fonction). La troisième étape est la définition de stratégies de gestion permettant la valorisation des accessions, qui peut-être soit statique (cryoconservation, objectif d'accréditation en Centre de Ressources Biologiques) ou dynamique (constitution de populations sources et pré-breeding). Réduire

- Champs de rattachement :
 

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