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Biologie et génétique des populations de tavelure du pommier soumises aux pressions de sélection
(ACR)
- Mot(s) clé(s) :
Objet d'étude : complexe d'espèces, venturia inaequalis
Démarche, discipline : génétique
Dispositif technique et méthode d'étude : modélisation, phylogénie, population, spécialisation
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Objet d'étude : complexe d'espèces, venturia inaequalis
Démarche, discipline : génétique
Dispositif technique et méthode d'étude : modélisation, phylogénie, population, spécialisation
Composé chimique, Facteur du milieu : gène vf, qtl de résistance
Phénomène, processus et fonction : agressivité, contournement de la résistance, dynamique, fitness
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- Description détaillée :
Génétique et dynamique des populations, phylogénie.
Collections de souches.
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Génétique et dynamique des populations, phylogénie.
Collections de souches.
Typage moléculaire des souches par microsatellites, et séquences de gènes (MLMT,MLST).
Caractérisation phénotypique (virulence, agressivité) des souches sur gamme d'hôtes.
Réseau de vergers de pommiers expérimentaux et commerciaux (y compris à l'étranger). Les stratégies de lutte contre la tavelure du pommier, principale maladie fongique au verger, reposent essentiellement sur l'utilisation répétée de fongicides. Face aux limites bien connues du « tout fongicide », la lutte génétique basée sur l'utilisation de gènes majeurs ne permet pas, non plus, de contrôler durablement le développement de la maladie en raison de la facilité pour les populations pathogènes à contourner les gènes de résistance majeurs.
Face à cette impasse, l'enjeu actuel consiste à construire des génotypes à résistance totale (ou partielle) et à les déployer dans les bassins de production de telle manière que l'adaptation des populations pathogènes associées soit retardée. Cette stratégie sera d'autant plus efficace que l'ensemble des mesures ayant un impact sur les populations pathogènes et sur les épidémies de tavelure sera intégré. UMR GenHort Angers
UMR Epidémiologie Thivernal-Grignon
UMR Ecologie, Systématique et Evolution de l'Université Paris XI
DPT of Horticulture Aarslev, Danemark
ETH Zürick
INRA Meknès Maroc
EMBRAPA Brésil- Analyser les capacités d'adaptation des populations de V. inaequalis face aux pressions de sélection exercées par le pommier.
- Modéliser l'évolution des populations du pathogène en relation avec les pressions de sélection exercée par l'hôte.
- Retracer l'histoire évolutive des différentes espèces de Venturia en relation avec la phylogénie de leur hôte Rosacée.
- Evaluer la fitness relative de souches virulentes et avirulentes en situation de compétition sur un hôte compatible.
- Définir les paramètres du cycle infectieux qui sont déterminants dans l'agressivité des souches.
- Evaluer l'impact des QTLs sur les paramètres du cycle infectieux.
- Eclaicir des points encore obscurs du cycle biologique et épidémiologique du champignon (système de reproduction, dispersion, colonisation d'un milieu vierge,...). - Développement d'un outil de détection fiable vis à vis de l'organisme de quarantaine V. nashicola (Le Cam et al, 2001).
- Sur la base de données génétiques et de pouvoir pathogène, deux formes spéciales responsable de tavelure sur pommier et pyracantha ont été mises en évidence au sein de l'espèce V. inaequalis (Le Cam et al, 2002).
- Nous avons mis en évidence par SSR et données de séquences l'absence de flux de gènes entre ces deux entités ce qui pourrait correspondre à un phénomène de spéciation en cours (Etude poursuivie par des travaux de phylogénie - Thèse Pierre Gladieux).
- Nous montrons que le contournement du gène de résistance majeur Vf chez le pommier s'accompagne d'un effet fondateur au sein des populations de V. inaequalis (Guérin et Le Cam, 2003). Ces populations sont génétiquement bien différenciées des populations présentes sur cultivars dépourvus du gène Vf à l'échelle du verger de la région et du continent européen.
L'absence de flux de gènes entre compartiments virVf et avirVf révèle un isolement reproducteur des souches virVf, en partie expliquée par leur spectre de virulence réduit sur hôte non Vf (Thèse Fabien Guérin).
- Développement de 21 loci SSR chez V . inaequalis (Guérin et
al., 2004). La pression de sélection exercée par le génotype de l'hôte sur les populations de champignons est étudiée sur Venturia inaequalis, agent de la tavelure du pommier. L'origine et le devenir des virulences ainsi que le fitness des populations de Venturia sont suivis en utilisant des marqueurs moléculaires en situation de contournement de gènes majeurs de résistance. L'impact de la composition génétique de l'hôte (QTLs de résistance) est analysé et la coévolution hôte/pathogène va être modélisée afin d'aider à la gestion des résistances de l'hôte et leur durabilité. La sélection exercée par les fongicides sur les populations de champignons phytopathogènes est étudiée sur les Alternaria transmis par les semences. Réduire

- Champs de rattachement :
 

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